楚雄医专药学系自建校至今，已有70年历史，在学校党政机关领导下，全面落实立德树人根本任务，在教学实践中不断创新和深化理论与实验教学改革，2015年获国家级健康服务类示范专业，2018年获省级高水平骨干专业，并多次受省级表彰。

70年办学历史沉淀，目前已是云南省内开办药学类高职高专专业门类最齐全、办学条件最成熟的院校，现设有药剂、药理、药物化学、生药和天然药物化学五个教研室，并设有系办公室和辅导员办公室。开办有“药学”、“中药学”、“药品质量与安全”、“药品经营与管理”、“食品质量与安全”、“保健品开发与管理”、“药品生产技术”七个专业。

历经几十年的传承与创新，药学系形成一批专业能力强、技能操作精、政治素质硬的教育教学团队。现有专任教师46人，其中教授、副教授14人（占30.4%），硕士研究生以上学历22人（占47.8%），45岁以下中青年教师32人（占69.6%），“双师”素质教师27人（占64.3％）。

在长期办学历程中，通过不断推进教学及科学研究，教学质量和科研水平不断提升。全系教师共开设各级各类课题61项，在各级各类期刊发表论文300余篇；累计获得专利62项，以主编及副主编编写教材30次，编委52次，累计获得厅级以上奖励120余次。

  今天的楚雄医专药学系，将坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，强化“以人为本、德才兼备、与时俱进”的办学理念，培养更多德智体美劳全面发展的高素质技能应用型人才。